Sphinxのbody blockを編集する方法です。
templates_pathに指定したディレクトリ内（例：_templates）にpage.htmlを作成します。
page.htmlに以下のコードを記述してビルドすれば反映されます。
{% extends "!layout.html" %}
{% block body %}
{# bodyの上部に追加したい場合はこちらに追記 #}
{{ body }}
{# bodyの下部に追加したい場合はこちらに追記 #}
{% endblock body %}