wp-cliを使ってワードプレスをインストールすると.htaccessファイルが生成されません。wp-cliで.htaccessファイルを生成にするにはconfig.ymlという設定ファイルを作る必要があります。
wp-cliをインストールされていない方はwp-cliのインストール方法を御覧ください。
設定ファイルは以下の場所に設置します。
~/.wp-cli/config.yml
設定ファイルを設置したら以下の内容を追加して下さい。
apache_modules: - mod_rewrite
ワードプレスがインストールされているディレクトリで以下のコマンドを実行すると.htaccessファイルが生成されます。
wp rewrite flush --hard
※上記のコマンドはマルチサイトでは利用できません。